Brännskär ligger i Finlands sydvästra skärgård, i Åboland, söder om Nagu på randen till den yttre skärgården. Ön ligger inte långt från Kirjais i Nagu som via broar och landsvägsfärjor är kopplad med fastlandet.

Det är lätt att hitta till besökshamnen med båt, men det är också möjligt att ta sig till Brännskär om ni kommer via fastlandet med bil. Kör då ner till Kirjais, där ni kan lämna bilen på parkeringsplatsen och varifrån ni får åka förbindelsebåt Ms Nordep eller Cheri ut till Brännskär. Ett annat alternativ är att köra ner till Pärnäs, vid Nagu-Korpo färjfäste och ta förbindelsebåten Cheri de sista sjömilen. Till Pärnäs kommer man även med buss.